但朱允炆的选择却出乎他的意料，烧毁宫殿说明朱允炆并不想让位，但这位有几分骨气的侄子却也没有自杀，因为在入宫后，朱棣并没有找到朱允炆的尸体。既不退位，也不自杀，那就只剩下逃跑了。
朱允炆的下落从此成了千古之谜，此事后来引起了巨大的反响和连锁效应，而朱允炆的逃走本身就如同一部侦探小说，我们将在后面对此进行详细地分析，这里暂不详述。
【暴行】
朱棣终于坐上了他的宝座，他认为这是自己当之无愧的，因为他为之已经付出了太多太多。多少次命悬一线，多少次功败垂成，才换来了今天的胜利和成功。
而在短时间的兴奋后，朱棣立刻意识到，他有更重要的事情要做，那就是清除那些反对他坐上皇帝宝座的人。于是历史上一幕罕见的暴行开演了。
朱棣首先找到的是方孝孺，他知道方孝孺名满天下，而且道衍早在他攻下京城之前就对他说过：“殿下攻下京城后，方孝孺一定不会投降，但你一定不能杀他！如果杀了他，天下的读书种子就会绝了！”
有这位军师的警告，朱棣自然不敢怠慢，他预料到方孝孺一定不会轻易投降，但他也不会想到事情居然会演变成一次破历史纪录的惨剧。
朱棣在大殿接见了方孝孺，他希望方孝孺能够为他起草诏书，其实所谓起草诏书找其他人也可以，但如果是方孝孺亲自写的，能够起到安抚天下人心等更好的作用。所以这份诏书非要方孝孺写不可。
但朱棣绝不会想到，方孝孺应召而来，并不是给他写诏书的，而是拿出了言官的本领，要和朱棣来一场继位权的法律辩论。
方孝孺哭着进了大殿，不理朱棣，也不行礼，朱棣十分尴尬，劝说道：“先生不要这样了，我不过是仿照周公辅政而已啊。”
这句话激起了方孝孺的愤怒，他应声问道：“成王在哪里？！”
“自焚死了。”
“成王的儿子呢？！”
“国家要年长的君主。”
“那成王的弟弟呢？！”
“这是我的家事。”
社会青年朱棣终于领教了最佳辩论手兼继承法专家方孝孺的厉害，他没有那么多的耐心，让人拿出了纸和笔给方孝孺，逼他写。
方孝孺不写。
继续强逼。
方孝孺写下“燕贼篡位”四字。
朱棣已经愤怒得丧失了理智：
“你不写，不怕我灭你九族吗？！”
“诛我十族又如何！”
实事求是地看，方孝孺说这句话并不一定真想让朱棣去诛灭自己的九族，然而他却不了解朱棣，朱棣不是那种口口声声威胁说不让你看到明天的太阳之类的话的人，但他却可以保证明年的太阳一定会照在你的坟头。