朱棣的无礼举动引起了群臣的愤怒，户部侍郎卓敬多次上奏，要求就地解决朱棣，建文帝竟然以燕王是自己的至亲为由拒绝了这一正确提议。卓敬气得跳脚，大叫起来：“杨坚、杨广两人难道不是父子吗”？！
但建文帝仍然拒绝了他的提议。
朱棣就这样在京城逛了一圈，风风光光的回了北平。而齐泰和黄子澄竟然结结实实当了一回看客，平日在地图上运筹帷幄、决胜千里的所谓谋略家就是这样的水平。
当然，建文帝手下并非都是一些如齐泰、黄子澄之类的人，事实证明，他还是有许多得力部下的。
【隐蔽战线的斗争】
在这场斗争中，建文帝并非不堪一击，他也使用了很多权谋手段，特别是在地下工作方面，可谓卓有成效。
【成功的策反】
建文元年（1399）初，朱棣派长史葛诚进京城朝见皇帝，其实这个葛诚也是个间谍，他的真实目的是打探消息，但朱棣万没有想到的是，此人竟然被策反了，而策反葛诚的正是皇帝本人。
葛诚一到，建文帝便放下架子，以九五之尊对葛诚礼遇有加，估计也亲切地询问了他的家庭收入情况并鼓励他好好工作之类。葛诚十分感动，皇帝竟然如此看重自己！他一时头热，就主动交待了燕王朱棣的种种不法行为和自己的间谍身份。然后他光荣地接受了建文帝地下工作者的称号，表示回去后一定努力工作，并及时做好情报信息传递工作，争取早日将燕王等人一网打尽。
一颗钉子就这样扎下了。
如果说葛诚是一个小间谍，那么下面要介绍的这位就是超级间谍，更具讽刺意味的是，此人并不知道自己做了间谍。
这个人就是朱棣的老婆，大将军徐达的女儿。
将门往往无虎子，如常遇春的儿子常茂，李文忠的儿子李景隆都是如此。但事情总有例外，徐达之子徐辉祖就是一个例外。他虽然出生名门，却从不引以为傲，为人谦虚谨慎，熟知兵法，而且效忠于建文帝。
他利用裙带关系，走夫人路线，在与他的妹妹聊天时了解到了很多妹夫朱棣学习工作的情况，并通报给了一直以来都对朱棣关怀备至的朱允炆。
就这样，朱棣的很多绝密情报源源不断地传到了朱允炆的耳中。
其实在这条战线上，朱棣的工作也毫不逊色，他的情报来源比较特殊，主要是由朱允炆身边的宦官提供的。朱元璋曾经严令不允许太监干政，作为正统继承人的朱允炆对此自然奉为金科玉律，在他手下的太监个个劳累无比又地位极低，其实太监也是人，也有自己的情感倾向，他们对朱允炆十分不满却又无处诉苦。
正在此时，救世主朱棣出现了，他不但积极结交宫中宦官，还不断送礼给这些谁也瞧不起的人，于是一时之间，燕王慈爱之名在宦官之中流传开来，大家都甘心为燕王效力。
朱允炆从来有没有正眼看过这些他认为很低贱的人，但他想不到的是，就是这些低贱的人在某种程度上决定了这场斗争的胜负。
除了这些太监之外，朱棣还和朝中的两个人有着十分秘密的关系，此二人可以说是他的王牌间谍，当然不到关键时刻，朱棣是不会用上这张王牌的，他要等待最后的时刻到来。
【黄子澄的致命错误】
四月，朱棣回到北平后，就向朝廷告病，过了一段时间，病越生越重，居然成了病危。这场病并不是突发的，而是酝酿了相当长的时间。因为在即将到来的五月，朱棣有一件不想做却又不得不做的事情。
五月，是太祖朱元璋的忌日，按照礼制朱棣应该自己前来，但朱棣敏锐地感觉到如果这次再去京城，可能就回不来了。可是老爹的忌日不去也是不行的，于是他派长子朱高炽及另外两个儿子朱高煦、朱高燧取代他祭拜。一下子派出三个儿子，除了表示自己重视此事外，另一个目的就是告诉朝廷，自己没有异心。
朱棣这次可算是打错了算盘，当时的形势已经很明了，朱允炆摆明了就是要搞掉藩王，此时把自己的儿子派入京城，简直就是送去的人质。
果然，朱高炽三兄弟一入京，兵部尚书齐泰就劝建文帝立刻将此三人扣为人质。建文帝本也表示同意，谁知黄子澄竟然认为这样会打草惊蛇，应该把这三个人送还燕王，表明朝廷并无削藩之意，以麻痹燕王。