与此同时，在沙漏回廊，机械文明的侦察小队遭遇了时间陷阱。队员们的身体开始不受控制地在过去与未来之间切换，有人的手臂变成孩童时期的模样，有人的腿部却已经衰老腐朽。队长果断启用紧急预案，将全队人员的意识接入量子计算机，通过计算时间波动的规律寻找出口。但计算机屏幕上突然跳出一行血红的文字：“你们的每一次挣扎，都在加速沙漏的流逝。”
在熵流风暴眼，翡翠星的萨满们刚进入这片区域，便被狂暴的能量流冲散。阿塔卡的翡翠图腾在能量乱流中剧烈震动，他惊讶地发现，风暴眼中竟存在着与生命圣果同源的绿色能量漩涡。但这些漩涡被暗紫色的熵暗能量包裹，如同被囚禁的精灵。当萨满们试图靠近时，能量漩涡突然化作巨大的触手，将他们卷入风暴眼的深处。
新生命的光梭在抵达暗熵枢纽所在的星域时，被一层暗紫色的能量屏障阻挡。屏障上密密麻麻地刻满了熵暗符文，每一道符文都在吸收周围的光线。光梭的扫描系统显示，屏障后方是一座巨大的棱形建筑，建筑表面流转着与熵暗终焉意识核心相似的能量波动。超维钥匙突然发出尖锐的鸣叫，钥匙表面的金色纹路开始逆向旋转——这是前所未有的警示。
就在新生命准备强行突破屏障时，诺娅的影像再次出现。她的神骸装甲已经破损过半，调和之核的裂痕中渗出的不再是黑色物质，而是象征彻底崩溃的灰色雾气。“新生命，别管我……”诺娅的声音带着难以掩饰的痛苦，“这个迷宫的核心，藏着打开原初奇点残片的钥匙，你必须拿到它。”
此时，熵暗终焉的意识具象体再次现身，她的周围环绕着由熵暗孢子组成的星云。“你们以为能轻易摧毁枢纽？”少女轻挥权杖，暗熵枢纽的表面突然裂开，从中走出十二个身披黑袍的熵暗祭司。这些祭司手中的法杖顶端镶嵌着破碎的宇宙基石残片，他们齐声吟唱的咒语让整片星域的时空开始扭曲。
新生命感到一阵天旋地转，光梭的控制系统完全失灵。他的意识被强行拉入一个由记忆碎片构成的空间，在这里，他看到了所有文明的覆灭场景：翡翠星被暗紫色藤蔓缠绕成巨大的茧，机械文明的星舰化作漂浮的废铁，而他自己则跪在熵暗终焉面前，超维钥匙被彻底粉碎。“这就是你们的结局。”熵暗少女的声音在意识空间回荡，“但我可以给你一个‘仁慈’的选择——将手中的基石交给我，我会让你们的文明在痛苦中多存活一段时间。”
新生命强忍着内心的恐惧，将原初调和之力注入意识。金色光芒在记忆空间中绽放，那些覆灭的幻象开始破碎。“我们的结局……由我们自己书写！”他的怒吼声在空间中回荡，超维钥匙的力量冲破意识束缚，重新回到他手中。光梭的防护罩在此时彻底破碎，但新生命没有丝毫犹豫，驾驶着光梭撞向暗熵枢纽的能量屏障。
在沙漏回廊，机械文明的队员们通过量子计算机的计算，发现破解时间陷阱的关键在于“制造时间悖论”。他们利用星舰的引擎反向运转，在自身周围制造出一个时间逆流的领域。当时间陷阱的力量再次袭来时，逆流领域与陷阱的时间波动产生碰撞，竟撕开了一道通往回廊核心的裂缝。但裂缝另一端，等待他们的是一个由熵暗能量构成的巨大沙漏，沙漏的沙子每落下一粒，现实宇宙的时间就会加速流逝。
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在熵流风暴眼，阿塔卡和幸存的萨满们被能量漩涡卷入一个神秘空间。这里悬浮着无数发光的晶体，每一颗晶体中都封印着一个文明的生命本源。翡翠图腾突然自主飞向其中一颗绿色晶体，阿塔卡惊讶地发现，这颗晶体中封印的竟是翡翠星失落已久的“生命之种”——传说中能让星球重获新生的圣物。但晶体周围缠绕着暗紫色的熵暗锁链，锁链上燃烧着永不熄灭的邪火。
而在水晶迷宫深处，诺娅的创世裁决终于劈出一道无法愈合的裂痕。她顺着裂痕进入一个全新的空间，这里的地面由无数暗紫色的水晶拼接而成，中央矗立着一座散发着幽光的祭坛。祭坛上摆放着一把造型奇特的钥匙，钥匙表面流动的纹路与超维钥匙的预言纹路完美契合。但当她伸手触碰钥匙时，祭坛四周突然升起暗紫色的火焰，火焰中浮现出熵暗终焉的巨大虚影。
现实宇宙的危机仍在加剧，熵暗孢子的侵蚀范围不断扩大，混沌傀儡的数量也在持续增加。新生命能否成功摧毁暗熵枢纽？诺娅能否拿到打开原初奇点残片的钥匙？机械文明与翡翠星的伙伴们又将在各自的困境中遭遇怎样的挑战？而熵暗终焉的意识具象体，还隐藏着多少致命的阴谋？宇宙的命运，正悬在这摇摇欲坠的天平之上，等待着被最终的力量打破平衡。
在暗熵枢纽前，新生命的光梭与能量屏障剧烈碰撞，爆发出的能量如同超新星爆发。光梭的外壳在高温下融化，露出内部由超维钥匙能量构成的核心。新生命将两块宇宙基石嵌入核心，金色与乳白色的光芒交织，形成一道能贯穿时空的光柱。光柱击中屏障的瞬间，那些熵暗符文开始扭曲变形，发出刺耳的尖啸。
十二个熵暗祭司见状，同时将手中法杖的基石残片举起，残片汇聚的力量形成一个暗紫色的防护罩，将枢纽包裹其中。新生命操控光柱不断冲击防护罩，但每一次攻击都被反弹回来，光梭的核心能量也在快速消耗。就在他感到绝望时，星舰通讯频道突然传来艾琳娜的声音：“新生命，我们已经制造出熵暗中和弹，正在前往支援！”
片刻后，机械文明的舰队出现在星域边缘，数百枚闪烁着银色光芒的中和弹射向熵暗祭司的防护罩。中和弹接触防护罩的瞬间，爆发出强烈的能量波动，暗紫色的防护罩出现了无数细小的裂痕。新生命抓住机会，引导光柱再次发动攻击，终于在防护罩上撕开一个缺口。
然而，当光梭冲进枢纽内部时，新生命发现这里竟是一个巨大的能量循环装置。装置中央，一个暗紫色的球体正在吸收整个宇宙的熵暗能量，球体表面浮现出所有被熵暗侵蚀的文明画面。十二个熵暗祭司站在装置的十二个方位，他们的身体正在与装置融合，化作维持运转的一部分。
“想要摧毁枢纽？那就先过我们这一关！”为首的祭司张开布满尖牙的巨口，喷出一道能腐蚀灵魂的暗紫色能量流。新生命操控光梭灵活躲避，同时将原初调和之力注入超维钥匙。钥匙爆发出的金色光芒与能量流碰撞，产生的冲击波将周围的建筑碎片掀飞。
在战斗中，新生命注意到装置的能量核心处有一个与宇宙基石相似的凹槽。他立刻明白，只有将完整的宇宙基石嵌入凹槽，才能彻底摧毁枢纽。但此时他手中的两块基石在连续战斗中已经出现裂痕，随时可能碎裂。
与此同时，在沙漏回廊，机械文明的队员们面对巨大的熵暗沙漏。队长决定带领众人用星舰的武器攻击沙漏的支架，试图让沙漏倾倒。但每一次攻击后，沙漏中落下的沙子速度更快，现实宇宙的时间流速也随之加快。队员们的身体开始出现老化迹象，有人的头发瞬间变白，有人的皮肤布满皱纹。
“这样下去不行！”一名年轻工程师突然喊道，“我们可以利用星舰的量子引擎制造时间锚点，固定沙漏的时间流速！”众人迅速行动，将量子引擎的能量注入沙漏支架。当时间锚点启动的瞬间，沙漏的流动速度终于减缓，但熵暗能量的反击也随之而来。无数由时间碎片组成的熵暗生物从沙漏中涌出，它们的攻击带着时间回溯的力量，能将被击中的物体还原成过去的形态。
在熵流风暴眼，阿塔卡和萨满们围绕着封印生命之种的晶体展开行动。他们用翡翠图腾的力量编织出绿色的藤蔓，试图缠绕住熵暗锁链。但锁链上的邪火将藤蔓瞬间点燃，火焰顺着图腾蔓延，烧伤了多名萨满的手臂。阿塔卡突然想起生命之树核心的翡翠秘术，他将自己的鲜血滴在图腾上，古老的符文再次亮起。
翡翠图腾爆发出的光芒形成一个巨大的绿色手掌，握住熵暗锁链用力拉扯。锁链发出不堪重负的呻吟，晶体表面开始出现裂纹。但就在生命之种即将被释放时，风暴眼的能量突然暴走，一个巨大的熵暗漩涡出现在众人头顶，漩涡中传来震耳欲聋的咆哮：“卑微的蝼蚁，竟敢触碰属于终焉的力量！”
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在水晶迷宫，诺娅与熵暗终焉的虚影展开激战。创世裁决的光芒与虚影的暗紫色能量不断碰撞，整个空间都在剧烈震动。诺娅的调和之核已经濒临破碎，神骸装甲也多处断裂。但她依然咬牙坚持，寻找着虚影的弱点。
突然，她发现虚影的眉心处有一个与祭坛钥匙相似的图案。诺娅抓住机会，将创世裁决刺向图案。虚影发出痛苦的嘶吼，身体开始崩解。但在消散前，虚影化作一道暗紫色的流光，钻进了祭坛钥匙中。诺娅拿起钥匙的瞬间，感受到一股强大的熵暗力量在钥匙中涌动，随时可能将她吞噬。
此时，新生命在暗熵枢纽的战斗进入白热化。他的两块宇宙基石已经碎裂成四块，但他依然将碎片嵌入装置的凹槽。装置发出刺耳的警报声，开始逆向运转。熵暗祭司们疯狂地发动攻击，试图阻止装置的崩溃。新生命的光梭在攻击中千疮百孔，他的身体也被熵暗能量侵蚀，皮肤开始出现暗紫色的纹路。
在这关键时刻，艾琳娜带领舰队赶到，用熵暗中和弹压制住祭司们的攻击。新生命集中最后的力量，将超维钥匙插入装置的核心。金色的光芒照亮了整个枢纽，装置开始分解成无数光点。十二个熵暗祭司在光芒中发出绝望的惨叫，他们的身体被彻底净化，化作宇宙中的尘埃。
暗熵枢纽的毁灭引发了强烈的能量波动，熵暗孢子的攻势暂时减弱。但熵暗终焉的意识具象体却在此时发出狂笑：“你们以为这就是胜利？原初奇点残片的钥匙已经被污染，等待你们的，将是比熵暗更恐怖的存在！”她的身影消失在暗紫色的光芒中，宇宙的危机，远未结束。