大江山之战后，酒吞童子被杀，随后被茨木童子复活，但失去记忆，茨木童子和鬼切战斗中失去一只手臂。被妖血溅到眼睛的鬼切记忆苏醒，获得鬼手杀入源氏，击杀源赖光的傀儡。
随后，鬼切在寻找酒吞恢复记忆的时候，再度和源赖光相遇，战败后被封印于黄泉之境。
源赖光即将献祭神乐，神乐在晴明的帮助下，使用了通灵之力，重创八岐大蛇。
晴明因为厌恶自己的恶，在阴阳裂缝中，使用阴阳分离术，在源氏祭坛封印了八岐大蛇。晴明解除了自己和大部分式神的契约，在失忆后带走了神乐。
黑晴明趁此机会从阴界裂缝逃脱，并且开始了自己的野心和计划。
正片开始：
这个故事，发生在人鬼共生的年代。
赌上性命的京都阴阳师，希望打败伪神（巫女大蛇）。
双神降临，苍风一目连。
少羽大天狗
月之羽姬借助追月神之力而来，保卫平安京。
离岛的出现，成为妖怪和人的烟花地带，玉藻前带着晴明去了离岛见证了不知火。
贺茂家的一位阴阳师为了见姐姐而布置法阵，伪神降临。
海国篇
雾海迷途：御怨般若。
鬼船来袭：大岳丸因铃鹿山污染而出征。
海潮逆涌：荒川之战（大岳丸、金鱼姬和荒川）
为了拯救平安京，晴明和玉藻前前往日轮之城寻找两块云外镜，泷夜叉姬和卑弥呼的故事。
大岳丸和大江山源氏之战，鬼切因心魔断碎，酒吞的记忆重新被唤醒，源赖光重铸鬼切，并捣毁土蜘蛛
山海之战后，为击退大岳丸，鬼切断刃，被源赖光重铸，成为天剑韧心鬼切，薰被鬼使白带走。
海国战败，大岳丸自尽。